A endoscopia também pode ser usada como tratamento

A endoscopia digestiva alta e baixa (colonoscopia) e das vias biliares (colangiopancreatografia), são exames fundamentais para a avaliação e diagnóstico de tumores na sua fase inicial (preventivo) de diversas doenças do sistema digestivo.
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Também podem ser utilizados como meio de tratamento em alguns casos específicos. Isso porque, através de alguns acessórios, pode-se retirar pólipos e alguns tipos de câncer de maneira curativa. Além disso, também é possível tratar fistulas no esôfago e estômago por meio de clips ou próteses.
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